กฏกระทรวงแบ่งส่วนราชการของสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ได้แบ่งโครงสร้างการบริหารของสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 6 ออกเป็น 1 ฝ่าย และ 4 กลุ่มงาน ได้แก่ ฝ่ายบริหารทั่วไป กลุ่มงานแผนสิ่งแวดล้อม กลุ่มงานส่งเสริมและเผยแพร่ กลุ่มงานเฝ้าระวังและควบคุมคุณภาพสิ่งแวดล้อม และกลุ่มงานวิเคราะห์คุณภาพสิ่งแวดล้อม

สำหรับโครงสร้างการบริหารภายใน สำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 6 แบ่งออกเป็น 1 ฝ่าย 5 กลุ่มงาน และ 1 กลุ่ม ได้แก่ ฝ่ายบริหารทั่วไป กลุ่มงานแผนสิ่งแวดล้อม กลุ่มงานส่งเสริมและเผยแพร่ กลุ่มงานเฝ้าระวังและควบคุมคุณภาพสิ่งแวดล้อม กลุ่มงานวิเคราะห์คุณภาพสิ่งแวดล้อม กลุ่มงานสารสนเทศสิ่งแวดล้อม และกลุ่มพัฒนาระบบบริหาร