ฝ่ายบริหารทั่วไป
มีหน้าที่รับผิดชอบในการดำเนินการเกี่ยวกับการบริหารจัดการทั่วไปของหน่วยงาน เช่น วางแผนควบคุม กำกับ ติดตาม ตรวจสอบ ในเรื่องของการบริหารจัดการ ในงานธุรการ งานการเจ้าหน้าที่ งานพัสดุ งานการเงิน บัญชี และงบประมาณ งานอาคารสถานที่ งานยานพาหนะและขนส่ง

กลุ่มงานแผนสิ่งแวดล้อม
มีหน้าที่ในการจัดทำแผนจัดการสิ่งแวดล้อมระดับภาค ประสานการดำเนินงานตลอดการติดตามผล ให้คำปรึกษา และเสนอแนะทางวิชาการและมาตรการด้านสิ่งแวดล้อม ศึกษา วิจัย ค้นคว้า พัฒนารูปแบบการดำเนินงาน ด้านสิ่งแวดล้อม ให้เหมาะสมสอดคล้องกับสภาพปัญหา ปฏิบัติงานเป็นเลขานุการคณะอนุกรรมการ บริหารสิ่งแวดล้อมระดับภาค ปฏิบัติงานตามกรอบการประเมินผล การปฏิบัติราชการตามคำรับรอง การปฏิบัติราชการ : ทำหน้าที่ ก.พ.ร.สสภ.6

กลุ่มงานส่งเสริมและเผยแพร่
มีหน้าที่ในการส่งเสริมการมีส่วนร่วมสร้างเครือข่ายด้านสิ่งแวดล้อม ดำเนินการเผยแพร่ประชาสัมพันธ์งานที่เกี่ยวข้องกับสิ่งแวดล้อม การพัฒนาบุคลากร ตลอดจนผลิตสื่อเผยแพร่ความรู้ด้านสิ่งแวดล้อม

กลุ่มงานเฝ้าระวังและควบคุมคุณภาพสิ่งแวดล้อม
มีหน้าที่ในการติดตาม ตรวจสอบ และเฝ้าระวังคุณภาพสิ่งแวดล้อมทางด้านคุณภาพน้ำแหล่งน้ำ คุณภาพอากาศ ขยะและระบบบำบัดน้ำเสียชุมชน มีการประสานงานและตรวจสอบเรื่องร้องเรียน ร้องทุกข์ ของประชาชน พัฒนารูปแบบการจัดการสิ่งแวดล้อมบนพื้นฐานภูมิปัญญาท้องถิ่น ให้คำปรึกษาและเสนอแนวทางจัดการและมาตรการสิ่งแวดล้อม

กลุ่มงานวิเคราะห์คุณภาพสิ่งแวดล้อม
มีหน้าที่ศึกษา ค้นคว้า วิจัย เพื่อการพัฒนาเทคโนโลยีที่เหมาะสมในการตรวจวิเคราะห์ และดำเนินการตรวจวิเคราะห์คุณภาพสิ่งแวดล้อมทางน้ำ อากาศ

กลุ่มงานสารสนเทศสิ่งแวดล้อม
มีหน้าที่ศึกษา วิเคราะห์ และจัดทำระบบฐานข้อมูลด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมระดับภาค ประมวลผลข้อมูล ข้อสนเทศ และสถิติ เพื่อสนับสนุนการบริหารทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พัฒนาระบบการจัดเก็บข้อมูลสารสนเทศ ระบบการแลกเปลี่ยนข้อมูลสารสนเทศ ระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์ และระบบเว็บไซต์ ให้คำปรึกษา แนะนำ หรือฝึกอบรมการใช้คอมพิวเตอร์ และการใช้โปรแกรม เป็นศูนย์เครือข่ายระบบสารสนเทศภูมิศาสตร์ด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมระดับภาค และเป็นศูนย์บริการประชาชนระดับภาค